時は500年も昔、豊臣秀吉による「伴天連（バテレン）追放令」に始まり、江戸幕府が開かれてからも幕府の天領（直轄地）であった長崎では、禁教令による厳しい取り締まりが行われ、多くのキリシタン達が追放され、また凄絶(せいぜつ)な殉教を遂げていきました。
こうしてキリシタンの布教が途絶え、教徒達の信仰の道が閉ざされて250年。安政5年(1858)から6年にかけてアメリカを始めとする諸外国と結んだ通商条約によって鎖国が解かれると、諸外国の圧力により踏絵は廃止、聖堂建立が認められ、長い禁教の時代が終わりを告げました。

1865年、天主堂が完成し、献堂式が行われて間もない1865年3月17日（元治2年2月20日）のこと。聖堂で祈りを捧げていたプチジャン神父のもとを、ひっそりと数人の男女が訪れました。
「あなたたちは、どなたです？」不思議に思った神父に、彼らの一人が突然ささやきかけました。「サンタ・マリアの御像はいずこに？‥‥‥私たちは、あなたと同じ胸を持つ者です」

神父は驚きました。1614年の大禁教令から、布教が途絶えて250年あまり。既にキリシタンは絶えてしまったと思われていた日本の地に、長い長い間、一人の神父も居ないまま、厳しい迫害と弾圧を逃れて潜伏し、教義を守り続けてきた教徒たちがいたのです。
「ああ、本当に、マリア様だ！」神父に導かれ、祭壇に案内された彼らは、祈り敬い続けた長い年月、初めて見る聖母像の前で歓喜の声をあげました。